15 июня 1925 г. была открыта воздушная станция в г. Минеральные Воды. В этот же день в 1891 году император Александр III подписал решение о сооружении железнодорожного пути Минеральные Воды — Кисловодск протяжённостью 64 км и стоимостью около 3 млн рублей. А в 1914 году на станции Нагутской Ставропольской губернии в семье железнодорожника родился Юрий Владимирович Андропов.
В музее истории Минераловодского авиапредприятия хранятся первые фотографии и описание нового аэропорта: "...В глинобитном маленьком домике под одной крышей располагались комната начальника воздушной станции и почта. Контора станции и общежитие для экипажей находились в частных домах, арендованных у местных жителей".
Там же хранятся воспоминания о первых полётах и посадках самолётов на воздушной станции. Услышав гул самолёта, на станции зажигался костёр. По дымовому шлейфу лётчик определял направление ветра и совершал посадку. Первым начальником воздушной станции г. Минеральные Воды был А. Г. Романов.
Воздушная линия связала Кавказские Минеральные Воды сначала с Ростовом-на-Дону и Харьковом, затем с Баку и Тбилиси, полёты осуществлялись на французских самолётах "Дорнье-Комета-3" и "Дорнье-Меркур". Их экипаж состоял из двух человек. Никаких приборов на самолётах не было, поэтому летали только днём на малых высотах. Ориентиром лётчику служила железнодорожная линия.
В начале 1930-х гг. было принято решение о строительстве аэропорта, и в 1933 г. он вступил в строй. Была построена взлётно-посадочная площадка, аэровокзал, ангар, мастерские, общежитие, взметнул в высь антенну первый радиомаяк.
Во время Великой Отечественной войны аэропорт был эвакуирован, а здание разрушено. Но уже в 1943 г. аэропорт начинает работу, базируется истребительный авиаполк, ремонтируются самолёты, отправляющиеся на фронт.
В 1947 г. здание строится заново. За время своей работы аэропорт не раз проходил реконструкцию, одна из самых масштабных была проведена в 2010-х гг.
В 2011 г. аэропорт был удостоен почётного звания "Лучший аэропорт стран СНГ", а в 2017 г. стал победителем национальной премии в области авиационного маркетинга в номинации "Аэропорт года".
Имя Михаила Лермонтова аэропорту было присвоено в 2018 г. по результатам конкурса "Великие имена России".
4 сентября 2019 г. в аэропорту в эксплуатацию введён новый терминал прибытия, а 14 мая 2025 г. открыли ещё один терминал, ставший крупнейшим инфраструктурным проектом на Ставрополье за последние 50 лет.
