5 августа 1902 г. в Пятигорске прошло освящение новой каменной кладбищенской церкви, названной Лазаревской в честь святого Лазаря. В этот же день в 1942 году фашистско-немецкие оккупанты захватили Невинномысск, а год спустя погиб известный советский военачальник, уроженец Ставрополья, генерал армии Иосиф Апанасенко. В 1964 году был введен в эксплуатацию Ипатовский пивзавод.
Вторая мировая война резко изменила привычный уклад жизни Невинномысска. Уже в первые дни после начала военных действий с местного призывного пункта на передовую отправились почти полторы тысячи жителей. За весь период войны с 1941 по 1945 годы военкомат города направил на фронт более 15,6 тысячи военнообязанных и добровольцев, из которых 4 тысячи не вернулись домой, отдав жизни за Родину.
Многие горожане, среди которых были женщины, школьники и представители интеллигенции, активно участвовали в сельскохозяйственных работах и строительстве оборонительных сооружений на Ивановской горе. Более 3 тысяч человек ежедневно трудились на укреплениях, возводя противотанковые рвы и устанавливая заграждения, руководствуясь лозунгом: "Всё для фронта! Всё для победы!".
На долю жителей выпало одно из самых тяжёлых испытаний — немецкая оккупация, длившаяся с 5 августа 1942 года до 21 января 1943 года. За это время, по неполным данным, было жестоко убито и замучено свыше 510 невинномысцев.
Наступление Красной Армии стало началом освобождения города. В январе 1943 года войска 2-х стрелковых корпусов 9-й армии — 11-й стрелковый под командованием генерал-майора И.А.Рубанюка и 11-й гвардейский во главе с генерал-майором И.Л.Хижняком — вступили в решающие бои за освобождение Невинномысска на Северном Кавказе.
11-й корпус первым начал крупномасштабную наступательную операцию в регионе. За период с 23 декабря 1942 по 11 января 1943 года, преодолевая ожесточённое сопротивление, его части продвинулись на 200 км и освободили 129 населённых пунктов, уничтожив значительные силы противника и захватив большое количество техники и вооружения.
Особое значение имела битва на реке Кубань. Немецкие войска разрушили мосты и попытались удержать позиции, однако советские подразделения при поддержке местных жителей смогли найти удобные места для переправы, обойти вражеские ловушки и с боем зайти в город. Командир батальона капитан Диордица особенно отличился, захватив несколько вражеских пулемётов и миномётов, тем самым обеспечив успех операции по переправе.
Уже 20 января 1943 года немцы были вытеснены с западного берега Кубани и начали поспешное отступление в сторону Армавира. Советские части освободили Невинномысск и железнодорожный узел, захватив в ходе наступления большое количество военной техники и боеприпасов противника.
Этот период навсегда останется в памяти города как символ мужества, стойкости и общей победы.